Aufgrund der zentralen Bedeutung der Koordination in der MTT nimmt diese einen entscheidenden Stellenwert in der Rehabilitation ein, sie wird definiert als das Zusammenwirken von ZNS und Skelettmuskulatur innerhalb eines gezielten Bewegungsablaufs. Unterschieden wird zwischen der intramuskulären Koordination, diese beschreibt das Nerv-Muskel-Zusammenwirken innerhalb eines gezielten Bewegungsablaufs in einem Muskel und der intermuskulären Koordination, die das Zusammenwirken verschiedener Muskeln bei einem gezielten Bewegungsablauf darstellt.
Ziel ist ein perfektes Zusammenspiel von Sinnesorganen, Nervensystem, Muskulatur und Gelenken.